Dit werkpakket kent twee hoofdonderwerpen. Het eerste is biogeomorfologie van de zeebodem. Het onderzoek op dit gebied borduurt voort op de kennis die is ontwikkeld in het eerste Delft Clusterprogramma. Toen is onderzoek gedaan naar de relatie tussen morfologische en ecologische kenmerken op drie locaties op de Noordzeebodem. Binnen dit werkpakket zal dat aantal locaties worden uitgebreid tot tien - waaronder een locatie waar zand wordt gesuppleerd - die samen representatief zijn voor de belangrijkste habitats op het Nederlandse continentale plat. Op deze locaties zullen nauwkeurige dieptemetingen worden gekoppeld aan sedimentologische en ecologische beschrijvingen van zogeheten hapmonsters van belangrijke grootschalige morfologische elementen op de zeebodem zoals banken, troggen en zandgolven.
Het tweede hoofdonderwerp richt zich op plaat en kwelder/schorgedrag. De nadruk van het onderzoek ligt binnen dit deelproject op de vorming van nieuwe kwelders en platen en de problematiek van blijven de veroudering van kwelders. Een belangrijke onderzoeksvraag is aan welke randvoorwaarden moet worden voldaan om duurzaam en met minimale inspanning een compleet en dynamisch geheel van platen, pioniersvegetatie en jonge en oude kwelders te creëren.
Beide deelonderzoeken moeten ertoe leiden dat in de toekomst beter kan worden afgewogen waar grootschalige werken zoals de Tweede Maasvlakte, en kleinschalige ingrepen als vaargeulonderhoud de minste gevolgen hebben op morfologie en ecologie. Daarnaast moet het ook duidelijk maken waar dit soort ingrepen de minste last heeft van nadelige morfologische en ecologische processen. Verder moeten het werkpakket kennis opleveren over de locaties met de meest bijzonders habitats. Deze locaties zijn namelijk uitermate geschikt voor het realiseren van zeereservaten als compensatiemaatregel voor milieuschade elders.
